Già fortezza militare in età medievale, tappa marginale della via sacra longobardorum per i viaggiatori che attraversavano il Gargano diretti alla grotta di san Michele Arcangelo di Monte Sant’Angelo.
Rignano Garganico è genericamente citata nel 1029 nell’atto di donazione di alcuni beni rustici, da parte del catepano bizantino Cristoforo, al monastero di San Giovanni “de Lama” (oggi monastero di San Matteo a San Marco in Lamis).
Conquistata dai Normanni poco prima del 1130 da Tancredi, figlio di Goffredo, viene dotata presumibilmente tra XI e XII secolo di una struttura castellare baronale: ne rimangono oggi pochi resti, tra cui una torre cilindrica che sembra essere stata costruita sui resti di una torre precedente annessa alla residenza baronale.
Altre torri facevano parte del circuito murario della località. Nel 1158 Rignano viene annessa all’abbazia di Montesacro.